印紙を貼らなかったときのペナルティとは？

印紙税は、通常、作成した文書に所定の額の収入印紙を貼り付け、印章や署名で消印することによって納付したこととなります。

税務調査で、印紙税の課税対象となる文書に印紙を貼っていないことが判明した場合、どのようなペナルティが課されるのでしょうか？

印紙税を納付することとなる課税文書の作成者が、納付すべき印紙税を課税文書の作成の時までに納付しなかった場合、納付しなかった印紙税の額とその2倍に相当する金額との合計額、すなわち当初に納付すべき印紙税の額の3倍の額の過怠税が徴収されることになります。

10,000円の印紙を貼るのを忘れた場合には、30,000円の過怠税が徴収されることになります。

但し、調査を受ける前に自主的に不納付を申し出た場合は1.1倍に軽減されます。
中小企業の一般的な税務調査では、印紙が貼付されていないことが判明した場合、悪質なケースでない限り会社から自主的に不納付を申し出るよう調査官が促すことで、3倍ではなく1.1倍の過怠税となるケースがほとんどではないかと思います。

なお、過怠税は全額が法人税の損金に算入されない（税務上の経費として認められない）ものですので、申告時の課税所得の計算の際に注意が必要となります。