残業「月45時間以内」の一律指導の見直しで、企業に求められる対応とは？

労働基準監督署は、これまで特別条項付き36協定を締結し、適法に月45時間を超えて働かせている企業に対しても、一律に「残業を45時間以内に抑えるように」と指導してきました。
しかし、2026年８月19日に、厚生労働省はこの残業指導の運用方針を同年９月から見直すと発表しました。
時間外・休日労働の時間数だけで判断するのではなく、企業が従業員の健康を守る措置を適切に講じているかを重視する方向へと舵を切った形です。
指導方針の変更点や、その背景、今後の労務管理に求められる具体的な対応について解説します。

労働時間の基礎と監督指導の見直し

労働時間の法律上の原則は、１日８時間・週40時間以内と定められています。
この法定労働時間を超えて働かせる場合、労使間で「36協定」を締結し、労働基準監督署へ届け出ることで、原則として月45時間、年360時間（限度時間）までの時間外労働が可能になります。
さらに、臨時的な特別の事情がある場合に限り、「特別条項付き36協定」を締結することで、一定の要件のもと、年720時間以内（休日労働を含まない）、時間外・休日労働の合計が月100時間未満、２～６カ月平均80時間以内などの上限の範囲内（休日労働を含む）で、限度時間を超える時間外労働が認められます。

これまでは、こうした手続を踏んでいる企業に対しても、時間外労働が月45時間を超えた場合、労働基準監督署から月45時間以内への削減を求める一律の指導が行われていました。
しかし、2026年９月１日からは、時間外・休日労働の時間数だけに着目して、月45時間以内への削減を求める一律の指導が見直されました。

新たな方針では、各事業場が36協定のなかで定めている「健康及び福祉を確保するための措置」が、実際にどのように運用されているかを重点的に確認されることになりました。
事業の状況によっては時間外労働の削減がただちに困難なケースもあるため、労使の合意に沿った指導となるよう見直すことが求められました。
ただし、個別の実態をふまえ、過重労働によって健康障害が生じるおそれが高いと判断された場合には、これまでと同様に必要な指導が行われる点には留意が必要です。

指導方針の変更を受けて企業が行うべき対応

今回の運用見直しによって、労働時間の法的な上限規制や36協定のルールそのものが緩和されたわけではありません。
企業側に求められるのは、労使協定で定めた内容を「書類上の約束」で終わらせず、現場で確実に実行していくことです。

特別条項付き36協定を届け出る際、企業は、限度時間を超えて労働させる労働者に対する「健康及び福祉を確保するための措置」を定めます。
具体的には、医師による面接指導の実施、勤務間インターバル制度の導入、代償休日または特別な休暇の付与、深夜業の回数制限などが指針で例示されており、これらのなかから自社に合った措置を選んで定めます。
見直し後は、労働基準監督署による確認の重点がこうした措置の実施状況に置かれます。
「対象者に面接指導を確実に受けさせているか」「休息のためのインターバル時間が実際に確保されているか」といった実施状況については客観的な記録を法令で定められた期間保存することが義務づけられています。
労働基準監督署による調査を受けた際に、速やかに提示できるようにしておくことが重要です。

36協定締結に関する支援体制がより充実

厚生労働省では、指導方針の変更と並行して、企業に対する支援体制も拡充しています。
2026年９月１日からは、全国の「働き方改革推進支援センター」に、36協定や特別条項付き36協定の締結、柔軟な労働時間制度の活用を支援する専門相談窓口が設置されました。

さらに、労働基準監督署の「労働時間相談・支援班」と「働き方改革推進支援センター」が連携し、企業からの相談を待つだけでなく、直接訪問してアドバイスを行う支援も実施されています。
これらに加え、地域のよろず支援拠点や商工会議所などとの連携体制も強化され、労務管理だけでなく、人手不足や業務の非効率といった経営課題についても相談できる体制が整えられています。

企業としては、労働時間を削減したくても、業界全体の慣習や取引先との関係、深刻な人材不足などが障壁となり、自社の努力だけでは改善がむずかしいケースもあります。
専門窓口や訪問支援を通じて、外部の客観的なアドバイスを取り入れることは、法令遵守にとどまらず、業務フローの抜本的な改善に向けた糸口を見つける有効な手段となるでしょう。

2026年９月１日から始まった残業指導の運用見直しは、時間外・休日労働の時間数だけに着目した一律の指導から、「健康及び福祉を確保するための措置」の実施状況などをふまえた指導へと、監督指導の重点を移すものです。
企業は法律の基準を遵守したうえで、従業員が心身の健康を保ちながら働き続けられる環境をいかに維持するかが、より厳しく問われるようになります。
これを機に、自社の36協定の内容や、健康及び福祉を確保するための措置が形骸化していないかをあらためて点検しておくことが大切です。


※本記事の記載内容は、2026年11月現在の法令・情報等に基づいています。